Pelaksanaan kegiatan PNPM PISEW akan diaudit oleh Badan Pemeriksa Keuangan dan Pembangunan (BPKP), dan dilakukan sekali setiap tahun terhadap LKD, PPK, dan konsultan sesuai dengan peraturan yang berlaku.
Selain pantauan partisipatif yang dilakukan sendiri oleh para pelaku di semua tingkatan, akan dilakukan pula audit oleh pihak-pihak yang tidak terlibat secara langsung dalam proses pendampingan.
Lembaga-lembaga pemeriksa akan mengkoordinasikan kegiatan ini untuk menghindari duplikasi antar mereka. Bagi instansi pemerintah pelaksana PNPM PISEW, LKD, konsultan, titik berat pemeriksaan adalah pada ada atau tidaknya penyimpangan.
Dalam menyiapkan pengelola program PNPM PISEW, akan dilakukan sosialisasi audit yang akan melibatkan pengelola program dan lembaga pemeriksa, yang didanai melalui dana APBN. Untuk itu, LKD, PPK, dan para konsultan pelaksana yang ditunjuk harus mendokumentasikan catatan-catatan kegiatannya selama tiga (3) tahun dan menyerahkannya kepada auditor bila diminta.
